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王保保在定西沈儿峪与徐达交战，惨败之后，仅与妻子、儿子几个人逃到和林。被李文忠击败的北元太子爱猷识理达腊只带着几十个骑兵逃脱，君臣二人在和林会合，尽弃前嫌，重归旧好。此时元顺帝已经去世，爱猷识理达腊继位，任命王保保为中书省右丞相，不断派兵骚扰明朝边境。

明朝洪武五年（公元1372年）正月，朱元璋派徐达、李文忠等人率领十五万大军，远征漠北，攻打北元。

王保保在与徐达交战中步步后撤，引诱明军深入漠北腹地。徐达率军对王保保穷追不舍，在岭北遭到王保保及其部将贺宗哲的围攻，徐达战败后急忙下令收兵，退回塞内。而李文忠率领的东路军与元军队的交战也不轻松。

王保保趁机派兵南下，明朝北方边境出现严重危机，朱元璋将对北元的策略从主动进攻调整为积极防御，派徐达、李文忠、冯胜、邓愈、汤和等人前往山西、北平等地练兵戍边，在长城沿线的军事要塞增设卫所，为沿边卫所补充大量兵力，修筑城池关隘，实行军屯，把边境百姓迁往内地，实行坚壁清野的策略，明朝边境构筑起一道坚固防线。

王保保多次派兵来攻，均被明军击退。

朱元璋称王保保为奇男子，为了招降王保保，朱元璋煞费苦心，不仅派人送信给王保保，还封王保保的妹妹为秦王妃，后来又派北元降将李思奇前去劝降。

王保保假装礼待李思奇，却在李思奇返回明朝时，要李思奇留下一只胳膊，李思奇回到京师后不久伤重去世。

可是，纵然王保保对北元忠心耿耿，却终究无力回天。

后来，王保保跟随爱猷识理达腊迁到金山之北，明朝洪武八年（公元1375年）八月，王保保去世，有一种说法认为，王保保1376年去世。